Tỉnh Bắc Ninh được tái lập
Ngày 6/11/1996 tại Kỳ họp thứ 10, Quốc hội khóa IX đã ra Quyết định phê chuẩn việc tái lập hai tỉnh Bắc Ninh và Bắc Giang. Ngày 1/1/1997, tỉnh Bắc Ninh chính thức hoạt động theo đơn vị hành chính mới. Thị xã Bắc Ninh trở thành thị xã tỉnh lỵ. Tỉnh Bắc Ninh có diện tích là 822,7km2 với 5 huyện và 1 thị xã; có 123 xã, phường, thị trấn; dân số 925.997 người.
Một góc thành phố Bắc Ninh từ trên cao.
Sau khi tỉnh được tái lập, ngày 9/8/1999, Chính phủ ra Nghị định số 68/1999/NĐ-CP, tách huyện Gia Lương thành hai huyện Gia Bình và Lương Tài; tách huyện Tiên Sơn thành hai huyện Từ Sơn và Tiên Du, hoạt động theo đơn vị hành chính mới từ ngày 01/9/1999.
Thời điểm này, tỉnh Bắc Ninh có 7 huyện và 1 thị xã: Huyện Gia Bình gồm: 13 xã, 1 thị trấn, trung tâm huyện ở thị trấn Đông Bình. Huyện Lương Tài gồm: 13 xã, 1 thị trấn, trung tâm huyện ở thị trấn Thứa. Huyện Thuận Thành gồm: 17 xã, 1 thị trấn, trung tâm huyện ở thị trấn Hồ. Huyện Tiên Du gồm: 15 xã, 1 thị trấn, trung tâm huyện ở thị trấn Lim. Huyện Từ Sơn gồm: 10 xã, 1 thị trấn, trung tâm huyện ở thị trấn Từ Sơn. Huyện Quế Võ gồm: 23 xã, 1 thị trấn, trung tâm huyện ở thị trấn Phố Mới. Huyện Yên Phong gồm: 17 xã, 1 thị trấn,trung tâm ở thị trấn Chờ. Thị xã Bắc Ninh gồm 9 phường, 1 xã.
Ngày 26/01/2006, Chính phủ ra Nghị định số 15/2006/NĐ-CPvềviệc thành lập thành phố Bắc Ninh trực thuộc tỉnh Bắc Ninh.
Ngày 9/4/2007, Thủ tướng Chính phủ ra Nghị định 60/2007/NĐ-CP điều chỉnh địa giới thành phố Bắc Ninh gồm 10 phường là: Đáp cầu, Thị cầu, Vũ Ninh, Suối Hoa, Tiền An, Vệ An, Ninh Xá, Kinh Bắc, Đại Phúc, Võ Cường và 9 xã: Kim Chân, Vân Dương, Nam Sơn, Hạp Lĩnh, Khắc Niệm, Phong Khê, Khúc Xuyên, Vạn An, Hòa Long.
Ngày 24/9/2008, Thủ tướng Chính phủ ra Nghị định 01/NĐ-CP về việc thành lập thị xã Từ Sơn, thành lập các phường thuộc thị xã Từ Sơn, tỉnh Bắc Ninh. Như vậy, thị xã Từ Sơn có 12 đơn vị hành chính trực thuộc, bao gồm các phường: Đồng Kỵ, Trang Hạ, Đồng Nguyên, Đình Bảng, Tân Hồng, Châu Khê, Đông Ngàn và các xã: Tam Sơn, Tương Giang, Hương Mạc, Phù Khê, Phù Chẩn.
Ngày 5/2/2010, Nghị quyết số 06/NQ-CP của Chính phủ thành lập các phường: Vân Dương, Vạn An, Hạp Lĩnh từ các xã có tên tương ứng, điều chỉnh đơn vị hành chính thành phố Bắc Ninh thành 13 phường và 6 xã.
Ngày 29/12/2013, Nghị quyết số 137/NQ-CP của Chính phủ thành lậpcác phường: Khắc Niệm, Khúc Xuyên và Phong Khê.
Ngày 25/6/2014, Chính phủ ban hành Quyết định số 1044/QĐ-TTg công nhận thành phố Bắc Ninh là đô thị loại II trực thuộc tỉnh Bắc Ninh. Đến nay, thành phố Bắc Ninh có diện tích tự nhiên 23,34km2 và dânsố121.028người; có 19 đơn vị hành chính gồm 16 phường, 3 xã.
Ngày 22/9/2021, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 387/NQ-UBTVQH15 về việc thành lập thành phố Từ Sơn thuộc tỉnh Bắc Ninh trên cơ sở toàn bộ diện tích tự nhiên và dân số của thị xã Từ Sơn. Như vậy, thành phố Từ Sơn có 12 phường, gồm: Đồng Kỵ, Trang Hạ, Đồng Nguyên, Đình Bảng, Tân Hồng, Châu Khê, Đông Ngàn, Tam Sơn, Tương Giang, Hương Mạc, Phù Khê và Phù Chẩn.
Sau nhiều lần điều chỉnh địa giới hành chính, hiện nay Bắc Ninh có 8 đơn vị hành chính cấp huyện, gồm: Tiên Du, Yên Phong, Quế Võ, Thuận Thành, Gia Bình, Lương Tài, thành phố Từ Sơn và thành phố Bắc Ninh; 126 xã, phường, thị trấn, với diện tích 822,271km2; dân số 1.368.840 người; mật độ dân số 1.663 người/km2.